Letak geografis Belanda yang dekat dengan Inggris menyebabkan Napoleon Bonaparte merasa perlu menduduki Belanda. Pada tahun 1806, Perancis (Napoleon) membubarkan Republik Bataaf dan membentuk Koninkrijk Holland(Kerajaan Belanda). Napoleon kemudian mengangkat Louis Napoleon sebagai Raja Belanda.
Karena Indonesia berada di bawah ancaman Inggris yang berkuasa di India, Napoleon membutuhkan orang yang kuat dan berpengalaman militer untuk mempertahankan jajahannya di Indonesia. Oleh karena itu, Louis Napoleon mengangkat Herman Willem Daendels sebagai gubernur jenderal di Indonesia. Daendels mulai menjalankan tugasnya pada tahun 1808 dengan tugas utama mempertahankan Pulau Jawa dari serangan Inggris.
A. Kebijakan Pemerintahan Herman W. Daendel
Sebagai seorang revolusioner, Daendels sangat mendukung perubahan-perubahan liberal. Beliau juga bercita-cita untuk memperbaiki nasib rakyat dengan memajukan pertanian dan perdagangan. Akan tetapi, dalam melakukan kebijakan-kebijakannya beliau bersikap diktator sehingga dalam masa pemerintahannya yang singkat, yang diingat rakyat hanyalah kekejamannya. Pembaruan-pembaruan yang dilakukan Daendels dalam tiga tahun masa jabatannya di Indonesia adalah sebagai berikut.
I.) Bidang Birokrasi Pemerintahan
1. Dewan Hindia Belanda sebagai dewan legislatif pendamping gubernur jenderal dibubarkan dan diganti dengan Dewan Penasihat. Salah seorang penasihatnya yang cakap ialah Mr. Muntinghe.
2. Pulau Jawa dibagi menjadi 9 prefektuur dan 31 kabupaten. Setiap prefektuurdikepalai oleh seorang residen (prefek) yang langsung di bawah pemerintahan Wali Negara. Setiap residen membawahi beberapa bupati.
3. Para bupati dijadikan pegawai pemerintah Belanda dan diberi pangkat sesuai dengan ketentuan kepegawaian pemerintah Belanda. Mereka mendapat penghasilan dari tanah dan tenaga sesuai dengan hukum adat.
II.) Bidang Hukum dan Peradilan
1. Dalam bidang hukum, Daendels membentuk 3 jenis pengadilan.
* Pengadilan untuk orang Eropa.
* Pengadilan untuk orang pribumi.
* Pengadilan untuk orang Timur Asing.
Pengadilan untuk pribumi ada di setiap prefektuur dengan prefek sebagai ketua dan para bupati sebagai anggota. Hukum ini diterapkan di wilayah kabupaten, sedangkan di wilayah prefektuur seperti Batavia, Semarang, dan Surabaya diberlakukan hukum Eropa.
2. Pemberantasan korupsi tanpa pandang bulu, termasuk terhadap bangsa Eropa sekalipun. Akan tetapi, Daendels sendiri malah melakukan korupsi besar-besaran dalam penjualan tanah kepada swasta.
III.) Bidang Militer dan Pertahanan
Dalam melaksanakan tugas utamanya untuk mempertahankan Pulau Jawa dari serangan Inggris, Daendels mengambil langkah-langkah berikut ini.
1. Membangun jalan antara Anyer-Panarukan, baik sebagai lalu lintas pertahanan maupun perekonomian.
2. Menambah jumlah pasukan dalam angkatan perang dari 3000 orang menjadi 20.000 orang.
3. Membangun pabrik senjata di Gresik dan Semarang. Hal itu dilakukan karena beliau tidak dapat mengharapkan lagi bantuan dari Eropa akibat blokade Inggris di lautan.
4. Membangun pangkalan angkatan laut di Ujung Kulon dan Surabaya.
IV.) Bidang Ekonomi dan Keuangan
1. Membentuk Dewan Pengawas Keuangan Negara (Algemene Rekenkaer) dan dilakukan pemberantasan korupsi dengan keras.
2. Mengeluarkan uang kertas.
3. Memperbaiki gaji pegawai.
4. Pajak in natura (contingenten) dan sistem penyerahan wajib (Verplichte Leverantie) yang diterapkan pada zaman VOC tetap dilanjutkan, bahkan ditingkatkan.
5. Mengadakan monopoli perdagangan beras.
6. Mengadakan Prianger Stelsel, yaitu kewajiban bagi rakyat Priangan dan sekitarnya untuk menanam tanaman ekspoer (seperti kopi).
V.) Bidang Sosial
1. Rakyat dipaksa melakukan kerja paksa (rodi) untuk membangun jalan Anyer-Panarukan.
2. Perbudakkan dibiarkan berkembang.
3. Menghapus upacara penghormatan kepada residen, sunan, atau sultan.
4. Membuat jaringan pos distrik dengan menggunakan kuda pos.
B. Akhir Kekuasaan Herman Willem Daendels
Kejatuhan Daendels antara lain disebabkan oleh hal-hal sebagai berikut.
1. Kekejaman dan kesewenang-wenangan Daendels menimbulkan kebencian di kalangan rakyat pribumi maupun orang-orang Eropa.
2. Sikapnya yang otoriter terhadap raja-raja Banten, Yogyakarta, dan Cirebon menimbulkan pertentangan dan perlawanan.
3. Penyelewengan dalam penjualan tanah kepada pihak swasta dan manipulasi penjualan Istana Bogor.
4. Keburukan dalam sistem administrasi pemerintahan.
Louis Napoleon sebagai Raja Belanda akhirnya menarik kembali Daendels dengan pertimbangan Daendels telah berbuat secara optimal di Indonesia. Penarikan Daendels ke Belanda disertai dengan pengangkatannya sebagai seorang panglima perang yang kemudian dikirim ke medan peperangan di Russia.